Em 2009 o ENEM sofreu mudanças importantes, uma dessas mudanças foi a reformulação da sua matriz de referência (matriz de competências e habilidades).

A matriz de competências e habilidades do ENEM é um guia para orientar a elaboração dos itens da prova, definindo as competências e habilidades do candidato que deverão ser avaliadas.

A matriz está organizada nas quatro áreas que compõem o exame: Linguagens, Códigos e suas Tecnologias, Ciências da natureza e suas Tecnologias, Ciências humanas e suas Tecnologias, Matemática e suas Tecnologias.

Cada área tem um conjunto de competências a ser avaliadas, e cada competência tem um conjunto de “habilidades”, que consistem na demonstração prática dessas competências.
A matriz de competências e habilidades traz 120 habilidades, sendo 30 para cada uma das quatro grandes áreas que compõem a prova. A matriz de referência da redação não possui habilidades, porém conta com um conjunto de competências e níveis de conhecimentos associados a elas.

Qual a diferença entre competência e habilidade?
De acordo com o Prof. Dr. Vasco Moretto, Mestre em Didática das Ciências pela Universidade Laval, Québec, Canadá:

"As habilidades estão associadas ao saber fazer: ação física ou mental que indica a capacidade adquirida. Assim, identificar variáveis, compreender fenômenos, relacionar informações, analisar situações-problema, sintetizar, julgar, correlacionar e manipular são exemplos de habilidades.

Já as competências são um conjunto de habilidades harmonicamente desenvolvidas e que caracterizam por exemplo uma função/profissão específica: ser arquiteto, médico ou professor de química. As habilidades devem ser desenvolvidas na busca das competências."